Кафедра микробиологии была создана в 1924 году на базе кафедры физиологии растений биологического отделения физико-математического факультета МГУ. Ее основателем является профессор Е.Е.Успенский (1889-1941?), крупный специалист в области альгологии, физиологии микроорганизмов, почвенной и водной микробиологии. Первыми сотрудниками кафедры стали С.И.Кузнецов, В.О.Таусон, А.П.Крючкова, Д.М.Новогрудский, Л.В.Рыбалкина, Е.И.Литвинова, многие из них — ученики Е.Е.Успенского. Некоторые сотрудники работали в существовавших при МГУ научно-исследовательских институтах: Институте ботаники (с секцией микробиологии, организован в 1922 г.) и в Микробиологическом научно-исследовательском институте (основан в 1923 г.), где были сформированы лаборатории изменчивости и экологии бактерий, энергетики и геологической деятельности микробов, физиологии питания, а также отделение промышленной микробиологии. Под руководством Е.Е.Успенского на кафедре проводили изучение экофизиологии и условий роста водорослей, были разработаны оригинальные методы определения потребности почв в различных элементах (К, Р и других) с использованием азотобактера как тест-организма. Приоритетный характер имело изучение влияния физико-химических факторов, прежде всего, кислотности и окислительно-восстановительного потенциала среды, на жизнедеятельность микроорганизмов — важнейшее научное направление, развиваемое Е.Е.Успенским и его учениками (С.И.Кузнецовым, В.О.Таусоном, позднее И.Л.Работновой и др.). Е.Е.Успенским была разработана структура учебного процесса на кафедре, организованы практические занятия по микробиологии, производственная практика студентов. Он читал курс общей микробиологии, вел семинар «Новости микробиологии». Были организованы спецкурсы и спецпрактикумы по почвенной микробиологии (Д.М.Новогрудский), геологической деятельности микроорганизмов (В.О.Таусон), позднее по водной микробиологии (С.И.Кузнецов), для чтения отдельных курсов были приглашены известные профессора: А.Ф.Войткевич, В.Н.Шапошников, Е.Н.Мишустин, Ф.Н.Германов, В.П.Израильский, В.В.Первозванский. На кафедре помещалась редакция журнала «Микробиология» (выходит с 1932 г.), организатором и главным редактором которого до 1938 г. был Е.Е.Успенский.

В 1938 г. в результате сталинских репрессий научная деятельность Е.Е.Успенского была трагически прервана. В том же году был сослан Д.М.Новогрудский (погиб в 1953 г.), которому, однако, удалось в Казахстане продолжить уникальные по широте охвата и оригинальности подходов исследования почвенных микроорганизмов.

В период 1938-1967 гг. кафедру возглавлял профессор (с 1953 г. действительный член АН СССР) В.Н.Шапошников (1884-1968), выдающийся ученый в области физиологии микроорганизмов, основатель технической микробиологии в СССР, организатор ряда промышленных микробиологических процессов (производства молочной и масляной кислот, ацетона и бутанола, уксусной кислоты и т.д.). Главным направлением научных исследований на кафедре стало изучение физиологии и биохимии микроорганизмов. Большое научное и практическое значение имела разработанная В.Н.Шапошниковым и его учениками теория двухфазности развития бактериальных культур, впервые сформулированная на основании изучения закономерностей ацетоно-бутилового брожения и получившая подтверждение при изучении других процессов метаболизма. Знание законов развития и роста культур микроорганизмов дало возможность управлять ходом многих микробиологических процессов, в том числе, используемых в промышленности. За разработку первого в нашей стране стерильного процесса производства ацетона и бутанола В.Н.Шапошников был удостоен ордена Трудового Красного Знамени и автомобиля ЗиС.

Во время Великой Отечественной войны кафедра вместе с МГУ была эвакуирована в Ашхабад, и временно (1942-43 г.г.) обязанности заведующего кафедрой в Москве исполнял С.И.Кузнецов, который одновременно руководил лабораторией Люблинского комбината очистки сточных вод и не мог покинуть город. В эти годы он был главным и фактически единственным организатором учебного процесса. В 1943 г. кафедра вернулась в Москву.

В послевоенные годы физиология микроорганизмов и промышленная микробиология продолжали оставаться важнейшими направлениями кафедры. Итогом научных исследований и педагогической работы В.Н.Шапошникова стала монография «Техническая микробиология», изданная в 1948 г. в виде учебного пособия и удостоенная в 1950 г. Сталинской (Государственной) премии. В научно-исследовательской и преподавательской работе участвовали А.Я.Мантейфель, Г.А.Новикова, Е.И.Козлова, И.Л.Работнова, позднее И.Т.Нетте, Л.Г.Азова, Н.Н.Гречушкина, М.Н.Пименова, М.Б.Куплетская, Л.И.Воробьева, Е.П.Феофилова, Е.Н.Красильникова, другие сотрудники и аспиранты кафедры.

Важным событием в истории кафедры стал переезд в 1954 г. в новое здание МГУ. Это позволило расширить площадь лабораторий, увеличить число сотрудников, усилить техническую базу. Одновременно была расширена и тематика научных работ. Еще с 1947 г. на кафедре стали развиваться работы по изучению физиологии продуцентов некоторых антибиотиков, производство которых в стране только начиналось. Известными специалистами в этой области стали Н.С.Егоров, А.Н.Полин, М.В.Нефелова, Е.Г.Торопова, Г.Г.Жарикова. В 1947 г. на кафедре был введен новый курс «Антибиотики», для чтения которого вначале был приглашен профессор (впоследствии академик АМН СССР) Г.Ф.Гаузе, а с 1953 г. его более 50 лет читает профессор Н.С.Егоров. Важнейшие положения этого курса отражены в ряде монографий, в том числе учебнике «Основы учения об антибиотиках», выдержавшем 6 изданий. В 1989 г. Н.С.Егоров был удостоен за него Государственной премии СССР. В 1953 г. (при активном участии В.Н.Шапошникова) на биолого-почвенном факультете МГУ была создана межкафедральная Лаборатория антибиотиков, которая в конце 1970-х г.г. вошла в состав кафедры микробиологии, а в 1993 г. была переименована в лабораторию биологически активных веществ. В разные годы лабораторию возглавляли профессора А.Б.Силаев, А.Н.Полин, Н.Н.Сухарева, В.С.Данилов.

Большое внимание в научных исследованиях на кафедре уделялось и микробиологии почвы. С 1948 г. в связи с посадкой в европейской части СССР полезащитных лесных полос под руководством А.Я.Мантейфель было начато изучение микроорганизмов лесных и степных почв, ризосферы древесных пород, а впоследствии и ряда сельскохозяйственных культур. В этих исследованиях, проведенных Е.И.Козловой, Г.А.Новиковой, И.Т.Нетте, З.А.Аркадьевой, А.И.Илялетдиновым (тогда аспирантом кафедры), другими сотрудниками и аспирантами, были выявлены доминирующие в разных почвах формы бактерий, описаны некоторые особенности их углеродного и азотного обмена, роль в питании растений. Была создана коллекция культур микроорганизмов, которая постоянно пополнялась новыми штаммами. Вопросами хранения микроорганизмов занимались Е.И.Козлова, В.М.Кузнецова, позднее М.Б.Куплетская, З.А.Аркадьева, Т.А. Чердынцева. Коллекция активно используется в научной и учебной работе.

Под руководством ведущего профессора кафедры И.Л.Работновой проводились исследования закономерностей роста и развития микроорганизмов, они выявили взаимосвязь между окислительно-восстановительными условиями среды и физиологическими процессами у микроорганизмов разных таксономических групп, существование у микроорганизмов так называемого приспособительного обмена. И.Л.Работнова возглавляла и работы по изучению бактерий, использующих углеводороды, в связи с проводимыми в СССР исследованиями по получению белка из углеводородов нефти. В этих работах участвовали Н.Н.Гречушкина, Е.С.Милько, И.Т.Нетте.

С 1950 г. на кафедре по инициативе В.Н.Шапошникова было начато изучение фотосинтезирующих бактерий, позднее это направление, возглавляемое Е.Н.Кондратьевой, стало одним из ведущих. Создание уникальной коллекции культур фототрофных бактерий и микроскопических форм водорослей (несколько десятилетий коллекции поддерживают Р.С.Сумарукова, И.В.Максимова) позволило вести сравнительные исследования обмена веществ фотосинтезирующих микроорганизмов, что важно для выявления общих закономерностей фотосинтеза и его эволюции. В работах Е.Н.Кондратьевой, Е.Н.Красильниковой, И.В.Максимовой, М.В.Нефеловой, М.В.Гусева, М.Н.Пименовой, Л.А.Минеевой, В.Э.Успенской и др. были исследованы возможности использования фототрофами разных доноров электронов и соединений углерода, изучены особенности их пигментного состава.

Многие научные достижения сотрудников кафедры стали основой новых спецкурсов и задач Большого практикума и летней практики, в разработке которых особенно значителен вклад И.Л.Работновой и А.Я.Мантейфель. Широкое признание завоевала книга И.Л.Работновой «Общая микробиология» (1966) — один из первых отечественных учебников по этой специальности. Огромное значение для формирования экологического мышления и представления о масштабах деятельности микроорганизмов имели научные экскурсии студентов на озеро Белое (Косино) и Курьяновские очистные сооружения, которые организовывал С.И.Кузнецов. В течение многих лет отдельные спецкурсы на кафедре читали приглашавшиеся из других учреждений крупные ученые: Н.Д.Иерусалимский, М.Н.Мейсель, Г.Ф.Гаузе, М.В.Горленко, С.И.Кузнецов и др.

В 1967-1989 г.г. кафедрой руководил ученик В.Н.Шапошникова, заместитель Министра высшего и среднего образования СССР, заслуженный профессор МГУ Н.С.Егоров. Основные направления исследований, заложенные В.Н.Шапошниковым, развивались сотрудниками кафедры с учетом новых достижений науки и требований к подготовке кадров.

Исследования в области физиологии и биохимии микроорганизмов включали изучение продуцентов биологически активных веществ (ферментов, антибиотиков, полисахаридов, витаминов). Особый интерес уделялся образованию микроорганизмами протеолитических ферментов (Ж.К.Лория, М.А.Аль-Нури, С.Н.Выборных). Впервые в Советском Союзе под руководством Н.С.Егорова были начаты и успешно развивались исследования метаболизма грибов, актиномицетов и других микроорганизмов, синтезирующих ферменты с фибринолитической активностью (для получения препаратов тромболитического действия), а также другие вещества, необходимые в медицине (в этих исследованиях участвовали Н.С.Ландау, В.И.Ушакова, В.Г.Крейер, В.В.Клечковская, Н.И.Прянишникова, И.Б.Котова). За разработку препаратов микробных ферментов Н.С.Егорову и Н.С.Ландау в 1987 г. присуждена премия Совета Министров СССР. Под руководством Н.С.Егорова продолжались исследования биосинтеза антибиотиков: стрептомицина (Т.П.Удалова), хлортетрациклина (И.П.Баранова), новобиоцина (В.И.Ушакова, М.А.Аль-Нури, Е.Г.Торопова), грамицидина С (Т.П.Удалова, А.Н.Выпияч, С.И.Маркелова, А.П.Зарубина, Т.П.Юдина), низина (И.П.Баранова, Ю.И.Козлова, Л.Г.Стоянова), актиномицина (Т.И.Орлова, М.В.Нефелова). Установлены важнейшие факторы процесса культивирования продуцентов, существенно влияющие на биосинтез изученных антибиотиков. Г.Г.Жариковой проведены исследования по естественной изменчивости продуцента грамицидина С. При изучении микроорганизмов-продуцентов антибиотиков серьезное внимание было обращено на причины возникновения устойчивости к этим соединениям (В.Г.Плакунов, А.Н.Полин, В.Г.Булгакова ), а также на их биологическую роль, в том числе, для самих продуцентов (Е.Г.Торопова, Т.Г.Юдина). Образование микроорганизмами полисахаридов исследовали Н.Н.Гречушкина, Е.В.Семенова, И.В.Ботвинко. Под руководством профессора Л.И.Воробьевой велись работы, посвященные биосинтезу микроорганизмами витаминов, прежде всего витамина В12, изучался метаболизм пропионовокислых бактерий. Изучение особенностей физиологии цианобактерий проводилось под руководством профессора М.В.Гусева.

Исследованиями в области фотосинтеза микроорганизмов руководила академик Е.Н.Кондратьева. В результате сравнительного изучения фототрофов разных таксономических групп были значительно расширены представления об их биоразнообразии, метаболических возможностях, взаимоотношениях с другими организмами (Е.Н.Красильникова, Р.Н.Ивановский, О.И.Кеппен, Ю.В.Родионов, И.В.Максимова, М.Н.Пименова, Н.Ф.Пискункова и др.). Первостепенное значение имели работы по изучению использования фототрофными бактериями разных доноров электронов, их биоэнергетики и транспортных процессов (В.Д.Самуилов, Р.Н.Ивановский). Удалось расшифровать пути метаболизма серы, углерода, азота у ряда пурпурных и зеленых бактерий в разных условиях роста (Р.Н.Ивановский, Е.Н.Красильникова, Л.М.Захарчук). Большое научное значение имело открытие способности ряда фототрофных бактерий переключаться с фотосинтеза на рост в темноте в хемолитоавтотрофных условиях, установление способности некоторых фототрофных бактерий к аэробному и анаэробному дыханию, а также к брожению (Е.Н.Красильникова). Большие успехи были достигнуты в исследовании азотфиксации и факторов ее регуляции, взаимосвязи процессов метаболизма азота и водорода у фототрофных микроорганизмов (И.Н.Гоготов, Ю.В.Родионов, Н.В.Лебедева). Итогом явилось выяснение возможностей интенсификации этих процессов, а также разработка способов получения аммиака и молекулярного водорода на основе биоконверсии солнечной энергии. В 1988 г. за цикл работ «Биология фотосинтезирующих микроорганизмов и фундаментальные основы фотобиотехнологии» Е.Н.Кондратьевой в числе других авторов была присуждена Государственная премия.

В начале 1970-х годов под руководством Е.Н.Кондратьевой впервые в стране были начаты исследования роста микроорганизмов на метаноле и других одноуглеродных соединениях (А.И.Нетрусов, Ю.В.Родионов, Е.В.Захарова, позднее Т.Ю. Динариева, Е.В. Стром). Вскоре изучение биоэнергетики и метаболизма метилотрофов стали одним из ведущих направлений исследований, имеющих приоритетное значение.

В связи с запросами практики, были разработаны микробиологические методы получения ряда аминокислот, антибиотиков, ферментов (М.Б.Куплетская, Н.С.Егоров, И.П.Баранова, А.П.Зарубина, Т.П.Юдина), проведены работы по изысканию способов защиты различных промышленных изделий и материалов от повреждения микроорганизмами (Н.Н.Гречушкина, И.Т.Нетте, М.Н.Пименова, И.В.Максимова, Е.Г.Торопова, С.И.Мыльникова, Н.Ф.Пискункова), продолжены исследования использования бактериями углеводородов (в настоящее время — Д.В.Хомяковой). В середине 70-х годов были начаты исследования, связанные с биологической очисткой промышленных сточных вод (Козлова Е.И., Аркадьева З.А.), изучением механизмов деструкции микроорганизмами токсических синтетических соединений (Е.В.Семенова, З.А.Аркадьева, позднее И.В.Сафронова).

Новым направлением, подсказанным развитием биотехнологии, стали работы по иммобилизации живых клеток и ферментов микроорганизмов (Н.С.Ландау, И.В.Авсюк, И.Б.Котова). По инициативе Н.С.Егорова в конце 70-х годов на кафедре было начато изучение физиологии светящихся бактерий и механизма биолюминесценции. (В.С.Данилов, Н.А.Баранова, А.Д.Исмаилов, В.Н.Шумихин, Ю.А.Малков, М.М.Мажуль). Под руководством И.Б.Наумовой изучались особенности химического состава клеточных стенок актиномицетов (Тульская Е.М., Стрешинская Г.М., Потехина Н.В., Козлова Ю.И.).

Существенные изменения произошли и в учебном процессе. В программу подготовки студентов были включены новые спецкурсы: «Физиология отдельных групп микроорганизмов», «Фототрофные микроорганизмы», «Хемолитотрофы и метилотрофы», «Регуляция метаболизма микроорганизмов» и другие. Для чтения отдельных курсов были приглашены Н.С.Агре, И.П.Бабьева, В.Н.Бирюзова, В.М.Горленко, П.И.Николаев, В.Н.Максимов и ряд других известных ученых. Разработка новых методов исследований позволила существенно расширить спектр задач практикума по микробиологии, в него вошли задачи по математическому планированию эксперимента, непрерывному культивированию на примере светящихся бактерий, фотоассимиляции цианобактериями углекислоты, индуцированному мутагенезу, направленному синтезу антибиотиков, образованию микроорганизмами протеолитических и амилолитических ферментов, регуляции синтеза ферментов, иммобилизации клеток Escherichia coli и другие. Основная заслуга в их разработке и внедрении принадлежит доцентам кафедры М.Н.Пименовой, Н.Н.Гречушкиной, А.И.Нетрусову, преподавателям Л.Г.Азовой, С.И.Мыльниковой, Е.В.Семеновой. Под редакцией Н.С.Егорова был издан ряд практических руководств по микробиологии (1967, 1976, 1983), сборник задач большого практикума «Метаболизм микроорганизмов» (1980) и их отдельные разработки (1985). Вышли в свет учебники и учебные пособия Н.С.Егорова («Основы учения об антибиотиках», 1969), Е.Н.Кондратьевой («Фотосинтезирующие бактерии и бактериальный фотосинтез», 1972; «Хемолитотрофы и метилотрофы», 1978; «Автотрофные прокариоты», 1996), Л.И.Воробьевой («Пропионовокислые бактерии и образование витамина В12», 1976; «Микробиологический синтез витаминов», 1982; «Техническая микробиология», 1987; «Промышленная микробиология» 1989), ряд коллективных монографий.

В 1989-1995 г. г. кафедрой руководила выдающийся ученый, академик РАН Е.Н.Кондратьева (1925-1995), ученица В.Н. Шапошникова. Главнейшей задачей в годы перестройки было сохранить коллектив кафедры и удержать высокий уровень научной и педагогической работы. Научные исследования были сконцентрированы на двух главных направлениях: изучение физиологии и биохимии микроорганизмов и изучение закономерностей образования биологически активных веществ.

Важнейшим результатом исследований, возглавляемых Е.Н.Кондратьевой, стало открытие нового пути автотрофной ассимиляции углекислоты, так называемого восстановительного цикла дикарбоновых кислот, у зеленой нитчатой бактерии Chloroflexus aurantiacus (Р.Н.Ивановский, Е.Н.Красильникова). Выделение новых штаммов и подробное всестороннее исследование зеленых нитчатых бактерий привели позднее к открытию нового семейства, Oscillochloridaceae (О.И.Кеппен, В.М.Горленко). Важное научное значение имело доказательство нового пути углеродного метаболизма у фототрофных бактерий — цитрамалатного цикла (Р.Н.Ивановский, И.А.Берг). Были получены первые результаты в исследовании физиологии недавно открытых новых групп микроорганизмов: анаэробных термофилов (Т.И.Митрофанова, Е.В.Захарова), термоацидофильных сульфобацилл (Е.Н.Красильникова, Л.М.Захарчук). Существенные успехи были достигнуты в изучении свойств и особенностей дыхательной цепи облигатных метилотрофов, у которых открыта новая, неизвестная ранее цитохромоксидаза (А.И.Нетрусов, Т.Ю.Динариева, Е.В.Стром).

Подробно исследованы штаммы-продуценты и разработаны регламенты получения важных для медицины ферментов: глюкозооксидазы, глутаматоксидазы, глицеролоксидазы, холестериноксидазы (М.Б.Куплетская, А.И.Нетрусов, Ю.В.Родионов, М.В.Сухачева), а также ряда специфических протеиназ, блокирующих образование тромбина в крови человека и животных (Н.С.Ландау). Изучены условия получения ряда биологически активных веществ: ингибиторов биосинтеза стеринов (В.Г.Крейер, Н.А.Баранова), антибиотика низина (Л.Г.Стоянова, А.И.Нетрусов, А.Н.Полин, Н.С.Егоров) и др. Эти исследования успешно продолжаются и сегодня.

В программу обучения был включен новый спецкурс «Биогеохимическая деятельность микроорганизмов», который читает академик РАН М.В.Иванов. Была расширена и тематика летней практики по экологии микроорганизмов: возобновлена задача по водной микробиологии на озере Белом в Косине, введены задачи санитарно-бактериологического анализа окружающей среды. В 1995 г. впервые проведена практика на Беломорской биостанции МГУ, которая проводится с тех пор ежегодно (Л.М.Захарчук, Н.Ю.Татаринова, Р.Н.Ивановский).

В настоящее время кафедрой заведует профессор А.И.Нетрусов, ученик Е.Н. Кондратьевой. В коллектив кафедры входят 14 докторов и 69 кандидатов наук (три профессора, более 80 научных сотрудников). На кафедре развиваются традиционные и новые направления исследований: изучение особенностей дыхательных цепей облигатных метилотрофов (А.И.Нетрусов, Т.Ю.Динариева), ферменты антиокислительной защиты у строгих анаэробов (А.И.Нетрусов, А.Л.Брюханов), анаэробное разложение микроорганизмами биомассы водорослей для получения практически важных газов (А.И.Нетрусов), анаэробное разложение нитроароматических соединений (А.И.Нетрусов, И.Б.Котова), биоразнообразие и углеродный метаболизм фототрофных бактерий (Р.Н.Ивановский), использование светящихся бактерий для создания микробных биосенсоров (В.С.Данилов), пропионовые бактерии, антимутагенез, стрессовые ответы у бактерий (Л.И.Воробьева), ферменты и биологически активные вещества микроорганизмов (Н.С.Егоров), серный и углеродный метаболизм сульфобацилл (Л.М.Захарчук, Е.Н.Красильникова), явление диссоциации у микроорганизмов (Е.С.Милько), пробиотические свойства молочнокислых бактерий (Л.Г.Стоянова, А.И.Нетрусов), метаболизм В12 (Е.П.Рыжкова), антимикробное действие и экологическая роль полифункциональных белков, образующих включения бактерий (Т.Г.Юдина), взаимодействие почвенных бактерий и растений (А.М.Семенов, Т.А.Чердынцева, Е.А.Цавкелова), литофильные циано-бактериальные сообщества (Н.Н.Колотилова) и другие.

К числу публикаций последних лет относятся учебник Н.С.Егорова «Основы учения об антибиотиках» (6-е изд., 2004), учебник «Экология микроорганизмов» (под ред. А.И.Нетрусова, 2004), учебное пособие Г.А.Заварзина, Н.Н.Колотиловой «Введение в природоведческую микробиологию» (2001), курс лекций Р.Н.Ивановского «Биоэнергетика и транспорт субстратов у бактерий» (2001), монография Л.И.Воробьевой «Пропионовые бактерии» (L.I.Vorobjeva «Propionibacteria», 1999), монография Г.А.Заварзина «Лекции по природоведческой микробиологии» (2003), сборник программ спецкурсов, методические и учебно-методические разработки. Периодически издаются труды научных конференций, организуемых кафедрой: «Автотрофные микроорганизмы» (1996; 2000), «Проблемы экологии и физиологии микроорганизмов» (2000), конференций INTAS (1999, 2000, 2001, 2002).

Кафедра готовит студентов по специальности 012400 — «микробиология». Программа обучения включает лекции по общей и промышленной микробиологии, цитологии, физиологии, биохимию, генетики и экологии микроорганизмов, систематике, биологии отдельных групп микроорганизмов, иммунологии, биоэнергетике и ряду других дисциплин. Сегодня на кафедре преподают: академик РАН М.В.Иванов («Геохимическая деятельность микроорганизмов и биотехнология»), академик РАН Г.А.Заварзин («Экология микроорганизмов»), профессора А.И.Нетрусов («Общая микробиология», «Метилотрофы и хемолитотрофы»), Н.С.Егоров («Антибиотики»), Р.Н.Ивановский («Транспорт веществ в клетки микроорганизмов»), Л.И.Воробьева («Промышленная микробиология», «Археи»), Ю.Д.Цыганков («Молекулярная микробиология и биотехнология»), В.Д.Самуилов («Биоэнергетика»), в.н.с. А.Д.Исмаилов («Кинетика роста микроорганизмов»), доценты М.М.Бабыкин («Генетика микроорганизмов»), И.Б. Котова («Общая микробиология»), и другие. На кафедре читаются курсы и спецкурсы: «Цитология микроорганизмов» (в.н.с. каф. физиологии микроорганизмов О.И.Баулина), «Фототрофные микроорганизмы» (доцент Н.Н.Колотилова), «Актиномицеты и бактерии актиномицетной линии» (доцент Н.Ю.Татаринова), «Олиготрофные микроорганизмы» (ст.н.с. А.М.Семенов), «Грибы (мицелиальные и дрожжи)» (доцент Л.М.Захарчук, в.н.с. О.Е.Марфенина), «Генная инженерия» (профессор каф. генетики В.В.Зинченко) и ряд других. На III-V курсах проводятся семинары «Актуальные проблемы микробиологии».

В учебный план студентов входит также выполнение задач практикума по микробиологии. Летняя практика по экологии микроорганизмов включает лабораторные занятия и ряд экскурсий (озеро Белое в Косино, Курьяновские очистные сооружения, Музей землеведения МГУ, Палеонтологический музей, Институт микробиологии РАН и другие). Вторая часть экологической практики проводится на базе Беломорской биостанции МГУ (морская микробиология). В проведении занятий участвуют преподаватели кафедры и сотрудники Института микробиологии РАН. В течение ряда лет студенты кафедры проходили также ознакомительную практику по микробиологии в ведущих научных институтах ФРГ. Курсовые и дипломные работы по разнообразной тематике выполняются на базе кафедры, а также различных научно-исследовательских институтов и лабораторий.

Кафедра проводит подготовку студентов биологического факультета и факультета биоинженерии МГУ в рамках общефакультетского малого практикума по микробиологии для студентов всех специальностей биологического факультета (всего примерно 300 студентов в год); преподаватели кафедры читают 4 отдельных курса общей микробиологии для студентов разных кафедр биологического факультета, много лет на кафедре читают курс общей микробиологии для студентов-биофизиков физического факультета МГУ (Е.В.Семенова). Кафедра ведет разнообразную просветительскую работу (ФПК, занятия со школьниками, чтение популярных лекций). Активную работу ведут Соросовские профессора и доценты кафедры (А.И.Нетрусов, Л.И.Воробьева, Л.М.Захарчук), заслуженные профессора и преподаватели МГУ (Н.С.Егоров, А.И.Нетрусов, Е.В.Семенова).

За время ее существования на кафедре подготовлено более 1150 квалифицированных специалистов, многие из которых стали крупными учеными, организаторами науки, производства, высшего образования. Среди выпускников кафедры — более 450 кандидатов наук, около 70 докторов наук, академиков и членов-корреспондентов Академии Наук. В числе выпускников кафедры академики Н.Д.Иерусалимский, М.В.Иванов, Г.А.Заварзин, Е.Н.Кондратьева, члены-корреспонденты С.И.Кузнецов, Г.И.Каравайко, действительный член АН Казахстана А.Н.Илялетдинов, академик ВАСХНИЛ Г.С.Муромцев, доктора наук В.О.Таусон, М.Н.Бехтерева, И.Л.Работнова, И.Е.Мишустина, Н.С.Егоров, Л.И.Новожилова, Ю.И.Сорокин, Л.И.Воробьева, В.К.Шильникова, В.Д.Федоров, М.В.Гусев, В.К.Плакунов, Е.П.Розанова, Е.П.Феофилова, Г.А.Дубинина, В.Д.Самуилов, В.М.Горленко, И.Н.Гоготов, А.И.Нетрусов, Р.Н.Ивановский, Т.Г.Корженевская, Е.А.Бонч-Осмоловская, Г.А. Шапошников, Е.П. Рыжкова и другие.