Научные интересы: микробные сообщества, их структура и взаимодействия микроорганизмов в них, применение; анаэробные микроорганизмы и сообщества; экология микроорганизмов и сообществ, их взаимодействие с ксенобиотиками и природными загрязнителями; микробная биодеградация; микробиота млекопитающих, функциональные продукты, пробиотические культуры (лактобациллы и бифидобактерии) и сообщества (кефирные зерна); протеолитические ферменты микроорганизмов; природоохранные, медицинские и пищевые микробные биотехнологии; иммобилизованные клетки;

Стаж научной и педагогической работы составляет 41 год, в том числе стаж педагогической работы  – 23 года. Читает следующие лекционные курсы: «Микробиология и экология микроорганизмов» для бакалавров биологического факультета, направление «Экология и природопользование»; «Микробиология» для специалистов факультета биоинженерии и биоинформатики, «Пробиотики и нутрицевтики» для магистров биологического факультета, «Микробная биодеградация» для магистров и аспирантов биологического факультета, «Общая микробиология и биотехнология» для бакалавров биотехнологического факультета, «Избранные главы современной биологии» для магистров биотехнологического факультета. Ведет спецсеминары «Актуальные проблемы микробиологии» для студентов-микробиологов 3 курса биологического факультета. Является автором более 20 учебников и учебно-методических пособий и 19 учебных дисциплин.

Научная работа посвящена изучению структуры и функционирования разнообразных микробных сообществ, а также отдельных их компонентов (чистых культур). Основным направлением работы является тема «Микробная биодеградация ксенобиотиков и загрязнителей природного происхождения». Впервые проведено комплексное исследование процесса метаногенной конверсии азокрасителей и аминоароматических веществ, сопровождаемое изучением изменений структурно-функциональной организации осуществляющих его анаэробных микробных сообществ различного происхождения (из илов очистных сооружений, донных осадков и желудочно-кишечного тракта млекопитающих). Сведения о поведении микробных сообществ при контакте с ксенобиотиками, которые можно рассматривать как стрессовые факторы, представили новую информацию о возможных направлениях сукцессионных изменений структуры сообщества и его активности. Впервые определены основные ароматические и линейные интремедиаты процесса метаногенной деструкции аминоароматических кислот и предложена последовательность реакций, осуществляемая в сообществах. Независимо от происхождения сообществ продемонстрирована схожесть у них цепи реакций деструкции, наиболее соответствующей бензоил-КоА-пути. Впервые показана возможность деструкции этих ксенобиотиков сообществами, выделенными из донных отложений естественных водоёмов, которые ранее не подвергались массированному воздействию таких веществ. Показано, что такие сообщества содержат значительное число некультивируемых микроорганизмов. Предложена схема трофических связей активного сообщества, где для каждой из 7 выделенных чистых культур определена стадия в общем процессе биодеструкции.

• Utilization of aminoaromatic acids by a methanogenic enrichment culture and by a novel citrobacter freundii strain / O. Savelieva, I. Kotova, W. Roelofsen et al. // Archives of Microbiology. — 2004. — Vol. 181, no. 2. — P. 163–170.
• Decolorization and partial degradation of selected azo dyes by methanogenic sludge / N. A. Yemashova, A. F. Telegina, I. B. Kotova et al. // Applied Biochemistry and Biotechnology. — 2004. — Vol. 119, no. 1. — P. 31–40.
• Special traits of decomposition of azo dyes by anaerobic microbial communities / N. A. Yemashova, I. B. Kotova, A. I. Netrusov, S. V. Kalyuzhnyi // Applied Biochemistry and Microbiology. — 2009. — Vol. 45, no. 2. — P. 176–181.
• Methanogenic degradation of (amino)aromatic compounds by anaerobic microbial communities / Y. V. Lin’kova, A. T. Dyakonova, M. A. Gladchenko et al. // Applied Biochemistry and Microbiology. — 2011. — Vol. 47, no. 5. — P. 507–514.
• Анаэробное разложение пищевых азокрасителей микробными сообществами, выделенными из кишечника млекопитающих/ Тактарова Ю. В., Котова И. Б., Нетрусов А. И. // Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю.А. Овчинникова. — 2017. — Т. 13, № 2. — С. 24–30.

Начата работа по биодеградации пластиков чистыми и смешанными культурами и микробными сообществами в различных физико-химических условиях.

Второе научное направление – это поиск, выделение и исследование свойств микроорганизмов и сообществ с пробиотическим потенциалом, в частности, молочнокислых бактерий (лактобацилл и бифидобактерий) и кефирных зерен.

• The isolation, identification and analyses of lactobacillus genus bacteria with probiotic potential/ Cherdyntseva T. A., Kotova I. B., Netrusov A. I. // Advances in Microbiology, Infectious Diseases and Public Health. — 2015. — Vol. 1. — P. 103–113.
• Russian kefir grains microbial composition and its changes during production process/ Kotova I. B., Cherdyntseva T. A., Netrusov A. I. // Advances in Microbiology, Infectious Diseases and Public Health. — 2016. — Vol. 4. — P. 93–102.
• Деструкция пищевых азокрасителей культурой lactobacillus delbrueckii при разных условиях роста / Д. В. Масленникова, Ю. В. Линькова, М. А. Гладченко и др. // Автотрофные микроорганизмы: 5 Всероссийский симпозиум с международным участием. Москва, МГУ имени М.В.Ломоносова, Биологический факультет, 21-24 декабря 2015 г.: Материалы. — МАКС Пресс Москва, 2015. — С. 129.
• Деструкция пищевых азокрасителей лактобациллами с пробиотическим потенциалом / А. А. Есакова, Ю. В. Тактарова, М. А. Гладченко и др. // 1-ый Российский Микробиологический конгресс (Пущино, 17-18 октября 2017 г.): сборник тезисов. — ООО «ИД «Вода: химия и экология» Москва, 2017. — С. 149–150.

Третье научное направление посвящено микромицетам-продуцентам протеолитических ферментов, активных по отношению к компонентам системы гемостаза.

• Secretion of extracellular proteinases, active against fibrillary proteins, by micromycetes / E. A. Popova, D. M. Bednenko, A. A. Osmolovskiy et al. // Moscow University Biological Sciences Bulletin. — 2017. — Vol. 72, no. 4. — P. 206–210.
• Production of proteinase with plasmin-like and prekallikrein activating activity by the micromycete aspergillus terreus / E. S. Zvonareva, A. A. Osmolovskiy, V. G. Kreier et al. // Applied Biochemistry and Microbiology. — 2018. — Vol. 54, no. 2. — P. 206–210.

Начаты исследования микобактериальных сообществ и их биотехнологического потенциала.

Под руководством Котовой И.Б. успешно защищены 5 курсовых и 4 дипломных работы специалистов, 4 бакалаврские и 3 магистерские выпускные работы. Она является куратором группы микробиологов 3 курса. Подготовила в качестве научного руководителя 3 кандидатов наук. В настоящее время является научным руководителем 6 аспирантов и 2 соискателей. Она член жюри заключительного этапа Универсиады МГУ, член жюри конференции «Ломоносов», член ГЭК биологического факультета МГУ. Член диссертационного совета МГУ 03.10. Член редколлегии журнала ВАК «Вода: химия и экология». Является «Заслуженным преподавателем Московского Университета» и ветераном труда.

Индекс Хирша 9