Елена Николаевна окончила кафедру микробиологии биологического факультета МГУ в 1949 году. На кафедре под руководством В.Н. Шапошникова начала заниматься метаболизмом аноксигенных фототрофных бактерий, защитив в 1953 году кандидатскую и в 1964 году докторскую диссертацию. К выдающимся научным достижениям Е.Н. Кондратьевой относятся открытие хемосинтеза у аноксигенных фототрофных бактерий и исследование восстановительного цикла трикарбоновых кислот у зеленых серобактерий. В 1981 году Е.Н. Кондратьева была избрана членом‑корреспондентом Академии Наук СССР, в 1992 году действительным членом Российской Академии Наук. В 1988 году за цикл работ “Биология фотосинтезирующих микроорганизмов и фундаментальные основы фотобиологии” Е.Н. Кондратьевой была присуждена Государственная премия СССР. С 1989 по 1995 Елена Николаевна была заведующей кафедрой микробиологии МГУ. На долю Е.Н. Кондратьевой выпало руководство кафедрой в сложные для науки годы перестройки. Важнейшей задачей было сохранение коллектива кафедры и поддержание высокого уровня научной и педагогической работы. На кафедре сохранялись прежние основные направления исследований, в этот период велись также разнообразные прикладные исследования. Под руководством Е.Н. Кондратьевой было подготовлено более 20 кандидатских и более 10 докторских диссертаций. Среди учеников Е.Н. Кондратьевой такие известные ученые как Р.Н. Ивановский, И.Н. Гоготов, Ю.А. Троценко, В.Д. Самуилов и другие. Е.Н. Кондратьева в течение долгого времени (1975-1985) была президентом Всесоюзного микробиологического общества и членом Исполнительного комитета Федерации Европейских Микробиологических обществ (FEMS). Она занималась верховой ездой, была мастером спорта СССР и судьей международной категории.